O jego służbie w tym wcześniejszym miejscu wiadomo niewiele, ale musiała być na tyle skuteczna, że przełożeni uznali go za godnego kolejnych, znacznie poważniejszych zadań. Skierowano go do obozu Auschwitz, oddalonego o ponad sześćset kilometrów. Po przybyciu do Oświęcimia Ludwik Plaga objął funkcję blockführera w tak zwanej kwarantannie, która początkowo mieściła się w budynku sztabsgebäude. Było to miejsce przeznaczone dla nowo przybyłych więźniów.
Teoretycznie kwarantanna służyła oddzieleniu chorych i niezdolnych do pracy od reszty osadzonych. W praktyce jej prawdziwym celem było sterroryzowanie nowo przybyłych już od pierwszych chwil pobytu w obozie. Trwała zazwyczaj kilka dni, choć niejednokrotnie wydłużano ją nawet do kilkunastu tygodni. Obejmowano nią zarówno mężczyzn, jak i kobiety.
W tym czasie więźniom przekazywano podstawowe informacje dotyczące apeli, meldowania się oraz repertuaru niemieckich piosenek, które później kazano im śpiewać. Za nienależyte wywiązywanie się z tych obowiązków wyznaczano bardzo surowe kary, a na czele tej listy stał tak zwany sport – eufemistyczna nazwa dla wyczerpujących ćwiczeń fizycznych prowadzonych aż do granic ludzkiej wytrzymałości. Zadania te były wyznaczane i kontrolowane przez nikogo innego, jak właśnie przez Ludwika Plagę. Zeznawał o tym jeden z dawnych więźniów, Józef Paczyński, który wspominał, że na kwarantannie zetknął się z Ludwigiem Plagą, wówczas nochszarführerem, przeprowadzającym z więźniami ćwiczenia gimnastyczne, sport oraz naukę śpiewu.
Ćwiczenia prowadzono do całkowitego zmęczenia i wyczerpania, wielu więźniów mdlało. Wtedy Plaga wraz z niemieckimi kapo, rekrutującymi się z pierwszego transportu trzydziestu więźniów sprowadzonych do obozu, bił i kopał osadzonych. Dla nowo przybyłych kwarantanna była pierwszym, brutalnym wtajemniczeniem w rzeczywistość obozu. Nie chodziło o opiekę medyczną ani o izolację chorych – chodziło o pokazanie, że każdy opór, każde wahanie, każde niedociągnięcie spotka się z natychmiastową, przemocową reakcją.
Plaga był jednym z tych, którzy tę zasadę wcielali w życie najskuteczniej. Jego rola nie ograniczała się do nadzorowania – osobiście uczestniczył w znęcaniu się nad więźniami, łącząc funkcję nadzorcy z rolą kata. Służba w kwarantannie była dla niego kolejnym stopniem w karierze, którą budował w obozowym systemie. Zyskał uznanie przełożonych na tyle, że powierzano mu coraz odpowiedzialniejsze zadania, a jego metody skutecznie odstraszały nowo przybyłych od jakiegokolwiek sprzeciwu.
Dla więźniów był symbolem terroru, który zaczynał się już od pierwszej chwili po przybyciu do obozu. Wspomnienia Józefa Paczyńskiego nie pozostawiają wątpliwości co do charakteru tych zajęć. Ćwiczenia gimnastyczne, sport i nauka śpiewu, pozornie nieszkodliwe elementy obozowej rutyny, w wykonaniu Plagi i kapo zamieniały się w narzędzie systematycznego znęcania się. Więźniowie zmuszani do wysiłku aż do omdlenia, bici i kopani przez nadzorców, poznawali od pierwszych dni, że w obozie nie ma miejsca na słabość ani na ludzkie traktowanie.
Kwarantanna pełniła więc funkcję swoistego wtajemniczenia w obozowy porządek. Nowo przybyli mieli nauczyć się bezwzględnego posłuszeństwa, a metody Plagi temu właśnie służyły. Wykorzystywał każdą okazję, by pokazać swoją władzę, a jego działania nie spotykały się ze sprzeciwem ani ze strony przełożonych, ani ze strony więźniów, którzy nie mieli żadnych środków obrony. Józef Paczyński, jako jeden z ocalałych, przekazał później świadectwo tego, co działo się w kwarantannie.
Jego relacja jest jednym z niewielu zachowanych źródeł, które opisują działalność Ludwika Plagi w tym okresie. Zeznanie to ukazuje nie tylko samego Plagę, ale także szerszy mechanizm terroru, który był celowo budowany w Auschwitz – terroru zaczynającego się od pierwszych dni pobytu w obozie i obejmującego wszystkich, niezależnie od płci czy wieku. Dla Plagi kwarantanna była jednym z etapów służby, dla więźniów – traumatycznym początkiem drogi przez obóz, której wielu nie przeżyło. To, co działo się w tych dniach, na długo zapadało w pamięć ocalałych, którzy po latach opisywali brutalność nadzorców i bezsilność więźniów.
Plaga należał do tych esesmanów, którzy tę brutalność wcielali w życie nie tylko z rozkazu, ale i z własnej inicjatywy, co czyniło go szczególnie groźnym ogniwem obozowego systemu. Jego działania w kwarantannie nie pozostały jednak bez echa. W oczach przełożonych umocnił swoją pozycję jako sprawnego i bezwzględnego funkcjonariusza, któremu można powierzyć kolejne, jeszcze bardziej odpowiedzialne obowiązki. Kariera w obozowej hierarchii rozwijała się, a każde kolejne zadanie wiązało się z rosnącą skalą przemocy i władzy nad więźniami.
Przemoc stosowana przez Plagę nie była przypadkowa ani odosobniona – wpisywała się w celowo budowany system zastraszania, który miał przygotować więźniów do życia w warunkach całkowitego podporządkowania. Ci, którzy przeszli przez kwarantannę, wiedzieli już, czego się spodziewać, a ci, którzy nie potrafili się dostosować, szybko ginęli lub byli wysyłani do prac, z których nie było powrotu. Świadectwo Paczyńskiego pozostaje jednym z niewielu bezpośrednich opisów tych wydarzeń. To dzięki takim relacjom możliwe jest odtworzenie mechanizmów, które kierowały obozową rzeczywistością, i poznanie ludzi, którzy tę rzeczywistość współtworzyli.
Ludwik Plaga nie był anonimowym trybikiem w nazistowskiej maszynie – był aktywnym wykonawcą terroru, a jego służba w kwarantannie to jeden z najciemniejszych rozdziałów tej działalności. Po latach historia ta jest przywoływana przede wszystkim jako przestroga i świadectwo tego, do czego zdolny jest człowiek postawiony w pozycji absolutnej władzy nad innymi. Jednak dla tych, którzy tam byli, nie była to historia ani przestroga, lecz codzienność – codzienność bicia, upokorzeń i wyczerpujących ćwiczeń, prowadzonych do granic możliwości, a często i poza nie.
Plaga, wraz z kapo rekrutującymi się spośród pierwszych więźniów, stał na czele tego systemu, a jego postawa wobec osadzonych nie pozostawiała złudzeń co do tego, czym był obóz.