Im Juni 1941 überfiel das Deutsche Reich die Sowjetunion und stieß schnell tief in sowjetisches Territorium vor. Hinter den regulären Truppen folgten die Einsatzgruppen, mobile Todeskommandos der Nazis, die Massenerschießungen von Juden, Kommunisten und anderen Menschen durchführten, die als gefährlich für die deutsche Herrschaft galten.
Am 19. September 1941 fiel Kiew, die Hauptstadt der Sowjetukraine, nach einer brutalen Belagerung. Als die Wehrmacht in die Stadt einzog, fand sie verlassene Straßen und beschädigte Gebäude vor. Etwa 60.000 Juden waren noch in der Stadt, überwiegend Frauen, Kinder, Alte, Kranke sowie Menschen, die nicht fliehen konnten oder wollten.
Kiew gehörte nun zum Reichskommissariat Ukraine, das der Nazi-Politiker Erich Koch mit absoluter Vollmacht regierte. In den Tagen nach der Besetzung erschütterten Explosionen das Stadtzentrum. Sowjetische Sprengsätze, die zurückweichende Truppen hinterlassen hatten, detonierten, zerstörten das deutsche Hauptquartier und töteten Hunderte Soldaten. Die Besatzungsmacht machte die jüdische Bevölkerung für diese Sabotage verantwortlich.
Als Reaktion trafen sich Offiziere der Wehrmacht, der SS und der Polizei im Kommandanturbüro in Kiew. Anwesend waren unter anderem der Militärgouverneur Generalmajor Kurt Eberhard und SS-Obergruppenführer Friedrich Jeckeln, den Heinrich Himmler erst wenige Monate zuvor zum Höheren SS- und Polizeiführer für Süd-Russland und die Ukraine ernannt hatte. Auch SS-Brigadeführer Otto Rasch, Leiter der Einsatzgruppe C, und SS-Standartenführer Paul Blobel, Kommandeur des Sonderkommandos 4a, nahmen an den Beratungen teil.
Bei dem Treffen beschlossen sie, die jüdische Bevölkerung Kiews zu töten, und tarnten das Massaker als Evakuierung. Wehrmachtseinheiten sollten die Straßen sichern und Fluchtwege vom Hinrichtungsort abschneiden, während der Massenmord von Einheiten unter dem Befehl von Rasch und Blobel ausgeführt werden sollte. Beide trugen im Sommer und Herbst 1941 die Verantwortung für zahlreiche Gräueltaten in der Sowjetukraine.
Am 28. September 1941 ergingen an die Juden Kiews, historisch auch als Kiewer Juden bekannt, Ankündigungen über eine Evakuierung. Sie sollten sich am folgenden Tag nahe dem Bahnhof versammeln und warme Kleidung, Geld, persönliche Dokumente und Wertsachen mitbringen. Mehr Juden als erwartet folgten dem Aufruf, und am nächsten Morgen begannen Tausende, sich zu versammeln. Ein Grund für den starken Zulauf war, dass die deutschen Anordnungen mit der Warnung verbunden waren, wer nicht erscheine, werde erschossen.
Die deutsche Überraschung darüber hielt der Kommandeur des Einsatzkommandos zwei Tage später schriftlich fest. Er berichtete seinen Vorgesetzten, die Schwierigkeiten einer so großen Aktion, insbesondere die Erfassung, seien in Kiew dadurch überwunden worden, dass man die jüdische Bevölkerung durch Wandplakate zum Umzug aufgefordert habe. Obwohl zunächst nur mit etwa 5.000 bis 6.000 Juden gerechnet worden war, kamen mehr als 30.000, die bis zum Moment ihrer Hinrichtung dank einer äußerst geschickten Organisation an ihre Umsiedlung glaubten.
Die Menschen kamen zu Fuß oder mit ihren Karren, im Vertrauen auf das Versprechen der Umsiedlung. Deutsche Soldaten und ukrainische Hilfskräfte trieben sie an den Stadtrand. Als die Kolonnen die Schlucht erreichten, wurde die Täuschung offenbar. Wachen schrien, Hunde bellten, und die Menschen mussten sich ausziehen. Kleidung, Wertsachen und Dokumente wurden ihnen abgenommen und in Haufen sortiert.
Dann wurden die Opfer in die Schlucht getrieben. Ein Augenzeuge erinnerte sich: Nach dem Ausziehen seien sie in die etwa 150 Meter lange, 30 Meter breite und gut 15 Meter tiefe Schlucht geführt worden. Am Grund der Schlucht ergriffen Mitglieder des Sonderkommandos sie und ließen sie sich auf bereits erschossene Juden legen. Die Leichen hätten buchstäblich in Schichten gelegen. Ein Polizeischütze sei gekommen und habe jedem Juden mit einer Maschinenpistole in den Nacken geschossen. Der Zeuge sah, wie die Schützen auf Leichenschichten standen und einen nach dem anderen erschossen. Die Schützen gingen über die Körper der Erschossenen zum nächsten Juden, der sich inzwischen hingelegt hatte, und schossen ihn nieder.
Von den Tausenden Opfern überlebten nur wenige, um von dem Geschehen zu berichten. Bis heute sind mindestens 29 Überlebende bekannt. Eine von ihnen war Dina Bronitschewa, eine Schauspielerin aus dem Kiewer Puppentheater, die entkam, indem sie sich unter den Leichen tot stellte. Später beschrieb sie den Horror: Die Opfer hätten sich ausgezogen, während die Deutschen sie erbarmungslos schlugen und Hunde auf sie hetzten. Einige hätten um Gnade gefleht. Andere hätten sich schweigend ausgezogen und seien zum Graben hinabgegangen. Manche seien wahnsinnig geworden. Die Deutschen hätten sie in einer Reihe durch eine Öffnung in der Erdwand getrieben, von wo sie das Rattern eines Maschinengewehrs hörte.
Für die Täter waren die Erschießungen methodisch. Blobel und seine Männer wechselten die Erschießungskommandos ab, brachten neue Munition und protokollierten die Ergebnisse. Die Berichte der Einsatzgruppe nach Berlin lasen sich wie militärische Zusammenfassungen. Am 29. und 30. September, so hieß es, seien 33.771 Juden hingerichtet worden.
Wehrmachtsingenieure sprengten anschließend Teile der Schluchtwände, um die Körper mit Erde zu bedecken. Viele der Verwundeten waren noch am Leben, als sie verschüttet wurden. Soldaten und Polizisten luden Lastwagen mit dem Besitz der Toten, darunter Geld, Schuhe und Kleidung, und schickten ihn in Lager zur Sortierung und Verteilung, unter anderem an die deutsche Armee in Osteuropa.
Als am Abend des 30. September die Schüsse verstummten, waren 33.771 Menschen tot. Es war eine der größten einzelnen Massenerschießungen des Zweiten Weltkriegs. Doch das Morden in Babyn Jar endete nicht 1941. In den folgenden Monaten und Jahren wurde die Schlucht zu einem Ort fortgesetzter Hinrichtungen. Roma-Familien, sowjetische Kriegsgefangene und ukrainische Partisanen wurden dorthin gebracht und erschossen. Einige wurden lebend in die Gruben geworfen. Insgesamt wird geschätzt, dass während der Nazi-Besetzung zwischen 100.000 und 150.000 Menschen in Babyn Jar ermordet wurden.
Als die Deutschen den Zweiten Weltkrieg verloren und die Front im Sommer 1943 zusammenbrach, begannen die Nazis, die Beweise zu beseitigen. Paul Blobel kehrte nach Kiew zurück, um die Sonderaktion 1005 zu leiten, eine geheime Operation zur Exhumierung und Verbrennung der Körper aus Massengräbern in ganz Osteuropa. In Babyn Jar zwangen die Deutschen rund 300 Häftlinge aus dem nahen Konzentrationslager Syrez, verweste Leichen auszugraben, aufzuschichten und zu verbrennen. Die Häftlinge arbeiteten unter Bewachung, atmeten den Rauch der toten Körper ein, und als die Arbeit getan war, wurden sie selbst erschossen. Doch eine Handvoll Häftlinge entkam und bezeugte den sowjetischen Behörden die deutschen Verbrechen.
Die Gerechtigkeit holte einige der Täter des Massakers von Babyn Jar ein. Vom 17. bis 28. Januar 1946 verurteilte ein Prozess in Kiew 15 deutsche Polizeibeamte für ihre Rolle bei der Tötung der Zivilbevölkerung. Am 24. Januar trat die bereits erwähnte Überlebende Dina Bronitschewa in den Zeugenstand und schilderte vor dem sowjetischen Gericht, was sie in Babyn Jar gesehen hatte. Sie erinnerte sich: Mit eigenen Augen habe sie diesen Horror gesehen. Obwohl sie nicht nahe an der Grube gestanden habe, hätten sie die schrecklichen Schreie der von Panik ergriffenen Menschen und die leisen Kinderstimmen erreicht, die riefen: „Mutter, Mutter.“
Von den 15 Angeklagten wurden 12 zum Tode verurteilt. Am 29. Januar 1946 versammelten sich 200.000 Menschen auf dem heutigen Unabhängigkeitsplatz in Kiew, um die Hinrichtung der Männer zu verfolgen, die persönlich für den Tod von über 100.000 unschuldigen Männern, Frauen und Kindern verantwortlich waren. Sowjetische Beamte brachten die 12 Männer auf sechs Lastwagen zur Hinrichtungsstätte und legten die Schlingen an, während Tausende zusahen. Auf der Plattform jedes der sechs Lastwagen standen zwei Verurteilte. Kurz vor der Hinrichtung hielt ein Beamter eine Rede, die er mit den Worten beendete: „Genosse Kommandant, führen Sie das Urteil aus.“ Dann fuhren die Lastwagen vorwärts und ließen die verurteilten Nazis in der Luft schwebend zurück. Die Menge jubelte, und behinderte Menschen, die unter den Nazis gelitten hatten, schlugen mit Krücken auf die Leichen der Gehängten ein.
Doch das war erst der Anfang. Paul Blobel stand vor dem sogenannten Einsatzgruppen-Prozess, einem der Nachfolgeprozesse von Nürnberg. Obwohl er behauptete, nur Befehle befolgt zu haben, wiesen die Richter seine Verteidigung zurück und verurteilten ihn wegen seiner Rolle bei der Tötung von über 60.000 Menschen in Osteuropa zum Tode. Paul Blobel wurde am 7. Juni 1951 im Gefängnis Landsberg in Deutschland gehängt.
Friedrich Jeckeln wurde zusammen mit sieben weiteren hochrangigen deutschen Offizieren vom 26. Januar bis 3. Februar 1946 vor einem sowjetischen Militärtribunal im Rigaer Prozess verurteilt und zum Tode verurteilt. Er wurde am 3. Februar 1946 in Riga in einer öffentlichen Hinrichtung vor 4.000 Menschen gehängt. Kurt Eberhard wurde im November 1945 von amerikanischen Streitkräften verhaftet und beging am 8. September 1947 in Stuttgart in Deutschland in Haft Selbstmord.
Anders als die Täter vieler anderer Massaker wurden die Hauptverantwortlichen für die Morde von Babyn Jar im September 1941 bestraft. Das Massaker von Babyn Jar steht als Warnung an die Geschichte. Es zeigt, wie schnell eine gewöhnliche Stadt zu einem Ort des Tötens werden kann, wie Armeen und Bürokraten Ideologie in Schlachten verwandeln und wie Gehorsam die Menschlichkeit auslöschen kann. Die Schlucht ist nicht nur ein Ort jüdischer Tragödie. Sie ist ein Spiegel des Absturzes Europas in den organisierten Mord während des Zweiten Weltkriegs.
Heute erinnern mehrere Gedenkstätten an Zehntausende Opfer. Selbst Russlands Angriff auf die Ukraine im Jahr 2022, bei dem Raketen das Gebiet der Gedenkstätte trafen, konnte die Menschen nicht vom Gedenken abhalten. Die Erinnerung wurde fortgesetzt und trotzte sowohl vergangener als auch gegenwärtiger Gewalt.