20 kwietnia 1941 roku, w trakcie niemieckiej inwazji na Grecję, na górze Olimp zawisła hitlerowska flaga, a oddziały generała Seppa Dietricha wdarły się do Janiny, odcinając drogę siłom dowodzonym przez generała Georgiosa Tsolakoglu. Grecki dowódca podjął wówczas szokującą decyzję – postanowił podpisać w Larisie zawieszenie broni z Niemcami. Jego ruch wywołał oburzenie w Atenach, a pominięcie Włochów w umowie stało się później źródłem nieporozumień między sojusznikami. Tsolakoglu uważał się za realistę.
Sądził, że wojna jest przegrana, a Grecja powinna u boku Niemiec zapewnić sobie dogodne miejsce w nowej Europie. W Atenach, które ostro protestowały przeciwko tej decyzji, szybko załamało się morale mieszkańców i zapanował kryzys polityczny. Premier Grecji, pronacjonalistycznie nastawiony Aleksandros Koryzis, sprawujący urząd zaledwie od kilku miesięcy, popełnił samobójstwo. Kapitulacja Tsolakoglu i samobójstwo premiera wywołały falę defetyzmu wśród Greków.
Pozbawiony ciężkiego sprzętu, liczący 50 tysięcy żołnierzy brytyjski korpus ekspedycyjny pod dowództwem Henry’ego Wilsona ewakuował się na Kretę. Wydarzenie to nazwano „małą Dunkierką”. Niemieccy żołnierze byli w euforii. Jeden z nich w liście do żony pisał: „Kiedy tylko widziałem nieprzyjaciela, strzelałem do niego, a walka zawsze dostarczała mi dzikiej, prawdziwej przyjemności.
To była radosna wojna. Jesteśmy opaleni i pewni zwycięstwa”. 27 kwietnia 1941 roku na ateńskim Akropolu żołnierze kompanii pułku Brandenburg zawiesili flagę ze swastyką. Był to symboliczny epizod otwierający nowy rozdział w historii Grecji.
Bilans greckich strat był wysoki – w krótkiej kampanii stracono 15 tysięcy żołnierzy, a ponad 200 tysięcy dostało się do niemieckiej niewoli. Straty wojsk Rzeszy były nieporównywalnie niższe. Tego samego dnia, gdy na Akropolu wisiała flaga ze swastyką, ulice Aten były opustoszałe, a Niemcy zorganizowali tam defiladę. Wkrótce rozpoczęła się okupacja całej Grecji kontynentalnej oraz wysp egejskich.
Okupację Wysp Jońskich Niemcy pozostawili Włochom, którzy nieudolnie próbowali podbić Grecję od października 1940 roku. Włosi sprawiali Niemcom problemy – Hitler skarżył się Goebbelsowi, że tak naprawdę nie chciał walczyć z Grekami, ale do wojny zmusił go Mussolini. Formalnie większość Grecji znalazła się pod okupacją włoską, ale Niemcy zajęli wiele strategicznych punktów. Mussolini odstąpił Hitlerowi północną część kraju wraz z Salonikami.
Pod niemiecką egidą znalazła się też część Attyki z Atenami. Niemcy zajęli takie wyspy jak Lemnos, Lesbos, Chios i Melos oraz pas ziemi na granicy z Turcją. Tracja i część Macedonii przypadły Bułgarii. Okupacja nie była więc jednolita – każde terytorium rządziło się swoimi prawami, a miejscowa ludność różnie odnosiła się do okupantów.
28 kwietnia 1941 roku Hitler po raz ostatni wracał triumfalnie do Berlina ze zwycięskiej kampanii. Profesor Ian Kershaw pisał: „Popularność Hitlera nie zmniejszyła się, lecz na horyzoncie pojawiły się chmury. Większość ludzi pragnęła jak zawsze pokoju. Zwycięskiego pokoju oczywiście, ale nade wszystko pokoju”.
Na rozwój sytuacji na Bałkanach z niepokojem patrzył Józef Stalin, którego nie przekonywały zapewnienia Hitlera, że kampania wymierzona jest w Brytyjczyków. Na gubernatora podbitej Grecji Hitler wyznaczył generała Georga von Stumme. Już w maju doszło do pierwszego incydentu – na Akropol wdrapali się Apostolos Santas i Manolis Glezos, którzy zerwali powiewającą tam flagę ze swastyką. Ten pozornie skromny akt oporu urósł do rangi symbolu, uczynił z obu młodych ludzi bohaterów i dał impuls do dalszych antyniemieckich wystąpień.
Nowym premierem kolaborującego rządu został generał Georgios Tsolakoglu. Niemcy potrzebowali jednak kogoś, kto byłby dla Greków większym autorytetem. Padło na głowę greckiego kościoła, arcybiskupa Chryzantosa. Duchowny odmówił jednak współpracy z Niemcami, dodając, że legalne władze Grecji znajdują się na Krecie, a także ganił jakiekolwiek oznaki kolaboracji wśród innych duchownych.
Odmówił wzięcia udziału w ceremonii zaprzysiężenia Tsolakoglu na premiera. Niemcy mu tego nie zapomnieli – usunięto go z funkcji arcybiskupa Aten i Grecji, a na jego miejsce metropolici wybrali arcybiskupa Damaskinosa. Niemcy mieli nadzieję, że będzie bardziej pokorny, ale szybko się przeliczyli. Kreta pozostawała solą w oku Hitlera.
Na wyspie znalazło schronienie wielu uciekinierów z Grecji kontynentalnej, w tym rząd, król Jerzy II i Brytyjczycy. Ewakuacja nie wywołała oburzenia greckiego społeczeństwa – „Wracajcie szczęśliwie. Powróćcie jako zwycięzcy! ” – wykrzykiwali do żołnierzy miejscowi Grecy.
W skład korpusu wchodzili także liczni Australijczycy i Nowozelandczycy. Niemcy widzieli na Krecie dobry punkt strategiczny – utworzone tam bazy mogły stanowić wrota do podboju Kanału Sueskiego lub ataku na porty w Aleksandrii. Hitlera dodatkowo prowokował fakt, że na wyspę przybywają brytyjscy żołnierze. Za pomysłem zajęcia Krety z użyciem sił powietrznych optował generał Kurt Student, który przekonał Hermanna Göringa, że prestiż sił lotniczych znacząco wzrośnie w oczach Hitlera.
25 kwietnia 1941 roku Hitler podpisał instrukcję do operacji „Merkury”. Inwazja na Kretę rozpoczęła się 20 maja i była największą niemiecką operacją powietrznodesantową podczas II wojny światowej. Niemcy opanowali wyspę w ciągu niecałych dwóch tygodni. Tysiące alianckich żołnierzy trafiło do niewoli, zginęło wielu Kretyńczyków, którzy niekiedy wchodzili w walkę wręcz z niemieckimi spadochroniarzami.
Niemcy bezlitośnie zabijali cywilów, jeśli podejrzewali ich o utrudnianie operacji. Tysiące żołnierzy alianckich zdążyło opuścić wyspę, udając się do Egiptu. Do Kairu ewakuował się także grecki monarcha Jerzy II oraz członkowie rządu. Ostatecznie jednak, z powodu nieprzychylności władz egipskich, król i premier udali się do Wielkiej Brytanii.
Kreta została podzielona między Niemcami a Włochami – większą część, środkową i zachodnią, opanowali Niemcy. W ich ręce wpadła nie tylko kluczowa wyspa, ale też prawie 100 kilogramów złota będącego częścią skarbu Grecji. W praktyce Niemcy i Włosi podzielili między siebie okupowaną Grecję. Państwo oficjalnie zmieniło nazwę z Królestwa Grecji na Państwo Greckie – ustanowiono nową flagę i symbole.
Władzę sprawował marionetkowy rząd generała Tsolakoglu, a pozostawienie w administracji urzędników z lat 30. dawało pozory legalności. Ciężki los spotkał Greków z Tracji, którzy wyrzuceni z własnych domów przez Bułgarów musieli udać się do niemieckiej strefy okupacyjnej. System okupacyjny rozszerzono także na Kretę.
Niemcy chcieli uczynić z wyspy twierdzę z główną siedzibą w Chani. Na wyspie zaroiło się od niemieckiego wojska, które rotowało w zależności od postępów w Afryce Północnej i na froncie wschodnim. Bez skrupułów likwidowano istniejący tam ruch oporu. Na gubernatora wojskowego wyznaczono Aleksandra Andrae, który pastwił się nad ludnością cywilną Krety.
Pierwsze poważne problemy pojawiły się, gdy do domów zaczęli wracać zdemobilizowani greccy żołnierze. Pozbawieni pracy i opieki lekarskiej stanowili wyzwanie dla władz okupacyjnych. Napływ powracających żołnierzy pogłębiał szerzący się w Grecji głód. Zaledwie kilka miesięcy po zakończeniu działań zbrojnych chleb kosztował aż 2 miliony drachm.
Grecji doskwierały nieurodzaj, braki w zaopatrzeniu, inflacja, konfiskaty środków transportu, zniszczenia infrastruktury i redukcja racji żywnościowych do zaledwie 300 kalorii. Sytuację pogarszały alianckie blokady morskie oraz narzucenie cen kontrolowanych przez rząd kolaboracyjny. Po Grecji rozlała się fala głodu, którego ofiarami najczęściej padali powracający żołnierze oraz dzieci. Historyk Tadeusz Czekalski pisał: „W drugiej połowie 1941 roku w Atenach i Pireusie codziennie kilkadziesiąt osób umierało z głodu.
Władze okupacyjne ignorowały apele o pomoc w łagodzeniu głodu, starając się zabezpieczyć zaopatrzenie dla własnych oddziałów i administracji”. W akcję pomocy próbował włączyć się grecki rząd na uchodźstwie, ale zatopienie statku „Kurtuluş”, którym dostarczano żywność do Grecji, zablokowało tę drogę ratunku. W wyniku głodu w pierwszym roku okupacji w Grecji zginęło 40 tysięcy ludzi, ale tragiczna w skutkach okazała się zima z przełomu 1941 i 1942 roku. Ciała leżały wtedy na ulicach Aten nawet kilka dni.
Wielu historyków traktuje ten czas jako największą hekatombę w dziejach Grecji – ofiarą wielkiego głodu padło 300 tysięcy ludzi. Niewydolność systemu okupacyjnego potęgowały inflacja, rosnące bezrobocie, brak dostępu do elektryczności i upadek licznych zakładów przemysłowych. Niemcy eksploatowali Grecję, konfiskując metale, leki, materiały budowlane i zapasy benzyny. W 1942 roku sprawa wielkiego głodu w Grecji miała już rangę międzynarodową.
Dzięki staraniom władz greckich w Londynie oraz greckiej diaspory w Stanach Zjednoczonych organizowano dostawy żywności, a przerażeni sytuacją Niemcy nie oponowali przy działaniach organizacji charytatywnych ze Szwecji i Turcji. Wielki głód z czasów okupacji pozostał jedną z największych tragedii Greków w historii. Podobnie jak w wielu innych podbitych państwach, w Grecji istniała kolaboracja. Generał Tsolakoglu sam zgłosił się do Hitlera z propozycją przejęcia funkcji szefa rządu.
Przygotowujący się do inwazji na ZSRR Hitler chciał łagodnej okupacji, aby nie absorbować tam nadmiernie niemieckich działań. Tsolakoglu deklarował, że ma za sobą generałów oraz cały aparat administracji powstałej w czasach reżimu Joanisa Metaksasa. Chętnie współpracował z Niemcami, ale przeciwstawiał się Włochom, a okupację bułgarską określał mianem upokorzenia. Zaostrzanie przepisów przez generała w czasie wielkiego głodu, jak wprowadzenie kary śmierci za działalność na czarnym rynku, pogorszyło sytuację żywnościową i obniżyło poparcie dla kolaboracyjnego rządu.
Tsolakoglu nie poradził sobie z kryzysem, stracił autorytet i pod koniec 1942 roku Niemcy zmusili go do odejścia na emeryturę. Jego miejsce zajął minister edukacji, profesor ginekologii Konstantinos Logotetopulos. Jego decyzja o wprowadzeniu przymusu pracy oraz pogłoski o wysłaniu Greków na front wschodni wywołały falę protestów. Nie minęło pół roku, a Logotetopulos stracił stanowisko na rzecz konserwatywnego polityka Joanisa Rallisa.
Rallis utworzył tak zwane bataliony bezpieczeństwa – wyposażoną przez Wehrmacht kolaboracyjną formację mającą pacyfikować grecki ruch oporu, w tym przede wszystkim komunistyczną partyzantkę. Bataliony były znienawidzone z powodu nadgorliwej kolaboracji oraz bezsensownego okrucieństwa, gwałtów i grabieży. Do historii przeszedł pogrom inwalidów, gdy pod nadzorem Jürgena Stroopa, tego samego, który likwidował getto w Warszawie, członkowie batalionów zamordowali prawie 300 inwalidów wojennych wywleczonych z ateńskich szpitali. Poza batalionami istniało kilka innych organizacji kolaboracyjnych, najczęściej odwołujących się do ideologii faszystowskiej i narodowosocjalistycznej.
Były one wewnętrznie skonfliktowane przez ścierające się stronnictwa prowłoskie z proniemieckimi, a straciły na znaczeniu po tym, gdy we wrześniu 1942 roku bojownicy ruchu oporu wysadzili w powietrze biuro jednej z nich. Nie można pominąć problematyki żydowskiej. Po zajęciu Grecji Niemcy rozpoczęli prześladowania Żydów – początkowo przez agresywne artykuły w kolaboracyjnej prasie, z czasem jednak przeszli do czynów. Najbardziej okrutne traktowanie miało miejsce w Salonikach, gdzie za okupację odpowiadał generał Kurt Krencki.
To on kazał stworzyć rejestr Żydów, zmuszał ich do pracy i urządzał upokarzające widowiska na Placu Wolności. Najgorsze zaczęło się wiosną 1943 roku, gdy Żydów zaczęto wywozić do obozów zagłady. Z ponad 48 tysięcy Żydów wywiezionych z Salonik do Auschwitz zagazowanych zostało ponad 37 tysięcy. W wyniku Holokaustu w Grecji praktycznie przestała istnieć ludność żydowska.
Niemcy mieli nadzieję pozyskać do kolaboracji grecki kościół prawosławny, ale srogo się przeliczyli. Arcybiskup Damaskinos, choć potrafił rozmawiać z okupantami, dawał im się mocno we znaki, krytykując ich i stawiając się za społecznością grecką i żydowską. Gdy w marcu 1943 roku publicznie wydał apel broniący ludności żydowskiej, szef SS w Grecji Jürgen Stroop zagroził mu rozstrzelaniem. Wówczas duchowny miał odpowiedzieć słowami, które przeszły do historii: „Zgodnie z tradycją greckiego kościoła prawosławnego nasi duchowni są wieszani, a nie rozstrzeliwani.
Prosimy uszanować nasze tradycje”. Grecki ruch oporu zaczął działalność zaraz po rozpoczęciu okupacji. Prowadzili go głównie żołnierze, których nie powołano pod broń, oraz komuniści, którzy podczas dyktatury Metaksasa wprawili się w walce konspiracyjnej. Czołowym ugrupowaniem był Front Wyzwolenia Narodowego, a jego zbrojnym ramieniem grecka armia ludowo-wyzwoleńcza ELAS.
Istniał też ruch oporu o zabarwieniu niekomunistycznym, jak Narodowo-Republikańska Liga Grecka EDES czy Wyzwolenie Narodowe i Społeczne EKKA. Dla polskiego odbiorcy istotna jest organizacja ochrony narodu, której przewodził Polak Jerzy Iwanow-Szajnowicz. W skład działalności ruchu oporu wchodziły ataki zbrojne na okupantów – niszczono sprzęt wojskowy, pomagano ukrywającym się brytyjskim żołnierzom, podpalano magazyny, wykolejano pociągi. Do historii przeszła operacja „Harling”, podczas której wysadzono wiadukt Gorgopotamos, blokując połączenie Salonik z Atenami i odcinając dostawy dla armii Erwina Rommla w Afryce Północnej.
Głośna była też akcja zlikwidowania prawie 80 żołnierzy 117. Dywizji Strzelców. Niemcy reagowali brutalnie, stosując odpowiedzialność zbiorową – za śmierć żołnierzy ze 117. Dywizji dokonano masakry prawie 700 mieszkańców Kalawryty.
Schwytanych członków ruchu oporu zabijano lub zsyłano do jednego z 22 obozów pracy utworzonych w Grecji. W 1943 roku, po kapitulacji Włoch, niemiecka okupacja rozlała się na całą Grecję. O ile w strefach włoskich Żydzi mogli czuć się względnie bezpiecznie, tak od tego momentu Niemcy bezustannie na nich polowali. Kres niemieckiej okupacji zaczął postępować od września 1944 roku, gdy Sowieci wkraczali na Bałkany.
W październiku 1944 roku brytyjskie kontyngenty pojawiły się na Peloponezie oraz w Attyce, zajmując Ateny. Brytyjczyków wspierały połączone siły ruchu oporu i jeszcze w październiku prawie wszyscy Niemcy zniknęli z Grecji kontynentalnej. Pod okupacją pozostała jednak Kreta, na której niemieccy żołnierze bronili się aż do kwietnia 1945 roku. W grudniu 1944 roku Ateny odwiedził Winston Churchill.
Radość z wyzwolenia splotła się jednak z przerażającym bilansem strat. Przed wojną w Grecji mieszkało około 7 milionów ludzi. Wielki Głód pochłonął 300 tysięcy ofiar, w wyniku egzekucji Niemcy zabili około 90 tysięcy ludzi, a milion Greków utraciło domy. Łącznie życie straciło około pół miliona ludności Grecji.
Kraj był kompletnie zdewastowany – produkcja przemysłowa osiągała zaledwie 30 procent przedwojennej. Obok powszechnej biedy zaczęły się samosądy na kolaborantach, zwłaszcza na członkach batalionów bezpieczeństwa. Na śmierć skazano między innymi byłego premiera Georgiosa Tsolakoglu, ale później zmieniono mu wyrok na dożywotnie więzienie. Za kryzysem ekonomicznym nadchodziło też załamanie polityczne.
Nowy premier, Georgios Papandreu, nie panował nad samosądami oraz samowolą komunistów z oddziałów ELAS. Konflikt zaostrzył się, gdy premier wydał dekret z 20 listopada 1944 roku nakazujący partyzantom złożyć broń. Komuniści nie chcieli się podporządkować.
Coraz częstsze strajki, demonstracje i konflikty między politykami doprowadziły do wybuchu wojny domowej w 1946 roku.