Dwa pierwsze transporty żydowskich więźniów trafiły do KL Auschwitz 28 i 29 kwietnia 1944 roku. Wyruszyły one z obozu w Kisztarcy pod Budapesztem oraz z Topoli w Wojwodinie. Dopiero 2 maja, po kilkudziesięciu godzinach morderczej podróży, deportowani dotarli do celu. Tego dnia liczbę przewiezionych Żydów szacuje się na około 3800 osób.
Selekcję przeszło 486 mężczyzn i 616 kobiet, a pozostałe około 2800 osób skierowano bezpośrednio do komór gazowych i tam zamordowano. Pierwsze transporty ujawniły, że obóz nie był jeszcze przygotowany na tak dużą akcję. Organizacja na terenie właściwego obozu pozostawiała wiele do życzenia. Bocznica kolejowa w Birkenau wciąż nie była ukończona, a miejsc do mordowania ludzi brakowało.
Działała tylko jedna prowizoryczna komora gazowa. Jedno z czterech krematoriów uległo poważnej awarii i nie nadawało się do użytku. Ta sytuacja wywołała olbrzymią irytację inicjatorów akcji pod kryptonimem „Ungarn”. Obwinili o ten stan rzeczy ówczesnego komendanta obozu, Artura Liebehenschela.
Nie było jednak czasu na rozwiązywanie problemów obozu w dotychczasowy sposób. Zadanie jego reorganizacji powierzono komuś, kto miał sobie poradzić z tym niełatwym wyzwaniem. Tą osobą był pierwszy komendant KL Auschwitz, Rudolf Höß.
Sprowadzono go z Ravensbrück 9 maja 1944 roku, aby przejął kierownictwo nad obozem w trakcie trwania deportacji.