19 października 1984 roku, późnym wieczorem, na drodze z Bydgoszczy do Torunia w okolicach wsi Górsk zatrzymano samochód do kontroli. Za kierownicą siedział Waldemar Chrostowski, a z tyłu podróżował ksiądz Jerzy Popiełuszko. Mężczyzna w mundurze milicyjnym zarzucił kierowcy stan nietrzeźwy i nakazał wyjście z auta. Chrostowski został natychmiast obezwładniony, zakuty w kajdanki i wciśnięty na tylne siedzenie białego Fiata 125P.
Ksiądz został wyciągnięty z samochodu, uderzony drewnianą pałką w głowę i wrzucony do bagażnika. Sprawcy zawrócili i ruszyli w stronę Torunia. Jadąc z prędkością około 70 kilometrów na godzinę, Chrostowski zrozumiał, że nie wyjdzie z tego żywy. Otworzył drzwi skutymi rękami i wyskoczył z jadącego auta.
Poobijany i zakrwawiony pobiegł przez pole do pierwszego domu i krzyczał, że porwano księdza. Mieszkańcy początkowo nie chcieli mu uwierzyć, ale ostatecznie otworzyli drzwi i zaalarmowali służby. Człowiekiem w mundurze był kapitan Grzegorz Piotrowski, oficer Departamentu IV Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, jednostki powołanej do zwalczania Kościoła katolickiego. Towarzyszyli mu porucznicy Leszek Pękala i Waldemar Chmielewski.
Tej nocy na drodze między Toruniem a Włocławkiem przez ponad godzinę katowali związanego księdza. Około północy wrzucili go z obciążeniem do Wisły na tamie we Włocławku. Kim był człowiek, którego tak bardzo bało się państwo? Popiełuszko urodził się w 1947 roku na Podlasiu jako Alfons, imię zmienił na Jerzy dopiero w seminarium.
Po święceniach w 1972 roku przez osiem lat pracował jako zwykły wikariusz. Nie był świetnym mówcą, mówił cicho i bez temperamentu. Jego zdrowie było zniszczone po dwuletniej służbie w specjalnej jednostce wojskowej dla kleryków w Bartoszycach, gdzie miał uszkodzone serce i tarczycę. Przełom nastąpił 31 sierpnia 1980 roku.
Strajkująca Huta Warszawa poprosiła o księdza, który odprawi mszę na terenie zakładu. Wybrano go przypadkiem, bo był akurat pod ręką. Gdy zobaczył kilka tysięcy robotników klęczących na betonie, jak sam później pisał, zrozumiał, po co został księdzem. Został kapelanem huty, a po wprowadzeniu stanu wojennego w grudniu 1981 roku jego parafia na warszawskim Żoliborzu stała się punktem pomocy dla rodzin internowanych i uwięzionych.
Od lutego 1982 roku odprawiał w ostatnią niedzielę miesiąca msze za ojczyznę. Z czasem przyjeżdżały na nie dziesiątki tysięcy ludzi z całej Polski. Kazania nagrywano na kasety, kopiowano i rozpowszechniano w całym kraju, a fragmenty nadawało Radio Wolna Europa. Popiełuszko nie wzywał do przemocy ani do walki z ustrojem.
Powtarzał jedno zdanie z listu świętego Pawła: zło dobrem zwyciężaj. Aparat bezpieczeństwa nie potrafił sobie z nim poradzić. Nie można go było oskarżyć o spisek, bo nie spiskował. Nie można było pokazać broni, bo jej nie miał.
Nie można było go skompromitować, bo rozdawał to, co dostawał. Jego kazania odbierały ludziom strach, a właśnie na strachu opierało się państwo. Prowadzono przeciwko niemu stałą inwigilację, podsłuchiwano mieszkanie i telefony. Był przesłuchiwany 13 razy, a w grudniu 1983 roku funkcjonariusze podrzucili do jego mieszkania broń i materiały wybuchowe, by potem przeprowadzić oficjalne przeszukanie.
Prowokacja się nie powiodła, a księdza wypuszczono po jednym dniu. We wrześniu 1984 roku rzecznik rządu Jerzy Urban opublikował w tygodniku „Tu i Teraz” zjadliwy artykuł „Seanse nienawiści” wymierzony w jego msze. 13 października 1984 roku w szybę jadącego samochodu uderzył kamień rzucony z bliska. Była to pierwsza próba upozorowania wypadku drogowego.
Nie udała się, bo kierowca utrzymał auto na drodze. W ostatnich tygodniach ksiądz mówił znajomym, że jeśli coś się stanie, nikt nie ma się mścić. Odrzucał propozycje wyjazdu za granicę. 19 października pojechał do Bydgoszczy na spotkanie z robotnikami.
Mimo próśb o pozostanie na noc, odmówił, bo rano miał obowiązki w parafii. Kilkanaście kilometrów za Toruniem zatrzymał ich pozorowany patrol. Po porwaniu Chrostowski, który wyskoczył z samochodu, złożył zeznania, zanim ktokolwiek zdążył cokolwiek uporządkować. Zapamiętał twarze i numery rejestracyjne, które prowadziły prosto do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych.
Przez 11 dni cała Polska żyła pytaniem, gdzie jest ksiądz. 30 października nurkowie wydobyli z Wisły jego ciało. Mimo ogromnego napięcia społecznego nie doszło do zamieszek. 3 listopada odbył się pogrzeb, w którym uczestniczyło kilkaset tysięcy ludzi.
Pochowano go przy kościele na Żoliborzu. 27 grudnia 1984 roku w Toruniu rozpoczął się bezprecedensowy proces. Po raz pierwszy w historii bloku wschodniego państwo komunistyczne osądziło publicznie własnych oficerów służby bezpieczeństwa. Na ławie oskarżonych zasiedli Piotrowski, Pękala, Chmielewski oraz pułkownik Adam Pietruszka.
Wyroki ogłoszono 7 lutego 1985 roku, ale kolejne amnestie systematycznie je skracały. Piotrowski, bezpośredni sprawca, wyszedł na wolność w 2001 roku. Śledztwo prowadziła specjalna grupa, którą kierował generał Zenon Płatek, dyrektor Departamentu IV, czyli szef jednostki, której funkcjonariusze dokonali porwania. W jej składzie znalazł się też Pietruszka.
W latach 90. dwaj generałowie, w tym Płatek, zostali oskarżeni o sprawstwo kierownicze, ale sąd uniewinnił ich z braku dowodów. Śledztwo Instytutu Pamięci Narodowej w sprawie mocodawców toczy się do dziś i nie ma prawomocnego rozstrzygnięcia. W 2010 roku ksiądz Jerzy Popiełuszko został beatyfikowany jako męczennik za wiarę.
Trwa proces kanonizacyjny. Jego grób przy kościele na Żoliborzu odwiedziło kilkanaście milionów ludzi. Ostatnie zdanie tej historii nie należy jednak do tych, którzy mieli pałki i worek kamieni, ale do zdania, które on powtarzał ludziom przez cztery lata: zła nie zwycięża się złem, zło zwycięża się dobrem.