Zaraz po wybuchu wojny Wileńszczyzna znalazła się najpierw pod okupacją sowiecką, a następnie została przekazana Litwinom, którym Sowieci oddali odebrane Polsce tereny. Nowa administracja litewska szybko podjęła próby zjednania sobie miejscowych Żydów i wykorzystania istniejących napięć między nimi a ludnością polską. Skutki tych działań były jednak umiarkowane, a cały proces przerwał rok 1940. Wówczas Litwa została zajęta i wcielona do Związku Sowieckiego.
Nowe władze rozpoczęły rządy na tym obszarze od masowych aresztowań duchowieństwa, w tym również przedstawicieli judaizmu. Równocześnie jednak wykonywano wobec Żydów pewne gesty, czego przykładem było utworzenie katedry języka idisz na Uniwersytecie Wileńskim. Osoby gotowe do współpracy z nowym reżimem mogły liczyć na jego przychylność. Sowiecka okupacja Wilna zakończyła się 23 czerwca 1941 roku.
W ramach operacji Barbarossa miasto zajęli żołnierze Wehrmachtu. Pojawienie się Niemców radykalnie pogorszyło sytuację ludności żydowskiej, a swój udział w tym mieli także przedstawiciele litewskiej administracji. Już 29 czerwca 1941 roku przewodniczący komitetu Żewicius wygłosił publiczną deklarację, w której wprost przedstawił swój stosunek do Żydów. W swoim wystąpieniu stwierdził, że ludność żydowska, którą określił mianem oparcia dla bolszewickiego terroru oraz sług „czerwonych łowców ludzi XX wieku”, zostanie wykreślona z politycznego, ekonomicznego i kulturalnego życia na Litwie.
Te słowa dały wyraźny sygnał do dalszych uderzeń wymierzonych w społeczność żydowską. Kolejne tygodnie przyniosły eskalację represji, a zapowiedź wykluczenia Żydów z życia publicznego stała się zapowiedzią tragicznych wydarzeń, które wkrótce nastąpiły na tym terenie.