Główna faza deportacji węgierskich Żydów do obozu zagłady rozpoczęła się 14 maja 1944 roku i trwała przez kolejne dwa miesiące, aż do 9 lipca tego samego roku. Była to jedna z najbardziej dramatycznych i masowych akcji eksterminacyjnych w historii Holokaustu. Pierwsze dwa transporty wyruszyły z gett w Nyíregyházie i Munkaczu. Ich celem był KL Auschwitz, jednak już na samym początku drogi deportowani doświadczyli brutalności ze strony węgierskich żandarmów.
W Koszycach doszło do pierwszych pobić i rabunków na wysiedlanych Żydach, zanim ci zostali przekazani niemieckim oddziałom SS. Świadectwo jednej z deportowanych kobiet, Istvány Sárkány, ukazuje okrucieństwo tamtych wydarzeń. Jak wspominała, w Koszycach żandarmeria przekazała ich transport SS, ale wcześniej ostatni raz mogła się nad nimi znęcać. „Zabierali wszystko, cokolwiek znaleźli – obrączki czy jakieś tam inne drobne kosztowności” – relacjonowała.
Z jej szyi ściągnięto srebrny, bezwartościowy łańcuszek, który był jedyną pamiątką po jej bracie. Jak podkreśliła, sprawiło jej to ogromny ból, ponieważ wydawało jej się, że to jedyna dotykalna więź między nimi. Po przejęciu transportu przez Niemców pociąg poprowadzono przez góry. Mimo specjalnego charakteru operacji priorytetem pozostawały jednak kwestie wojskowe, co sprawiło, że transporty z wysiedlanymi Żydami musiały ustępować pierwszeństwa innym pociągom.
Ta sytuacja znacząco wydłużyła podróż z Koszyc do KL Auschwitz – trwała ona aż kilka dni, choć teoretycznie nie powinna przekroczyć 14 godzin. W wyniku tych opóźnień Żydzi podróżujący w wagonach po około 70 osób przybywali na rampę całkowicie wycieńczeni i głodni. Stan ten w znacznym stopniu ułatwił Niemcom realizację głównego etapu akcji eksterminacyjnej – selekcji i zagazowania.
Masowa deportacja węgierskich Żydów zakończyła się 9 lipca 1944 roku, pozostawiając po sobie dziesiątki tysięcy ofiar i trwałe piętno w historii Zagłady.