Choć Niemcy starali się przedstawiać przesiedlenia do getta w Wilnie jako operację sprawną i humanitarną, w rzeczywistości przebiegały one w atmosferze przemocy i zbrodni. Według relacji świadków, Żydów pędzono do dzielnicy zamkniętej z pełną samowolą, a część z nich trafiała do więzienia, skąd niemal nikt nie wychodził żywy. Zdarzało się, że rozdzielano sąsiadów z tej samej kamienicy, a nawet członków rodziny – jednych prowadzono do więzienia, innych do getta. O losie aresztowanych często decydowały możliwości finansowe i spryt.
Ci, którzy wręczyli konwojentom pieniądze lub ukryte kosztowności, potrafili uniknąć końca w więzieniu. Wileńscy Żydzi zostali ostatecznie umieszczeni w dwóch gettach: małym i dużym. W pierwszym zgromadzono około 9 tysięcy ludzi, w drugim – blisko 29 tysięcy. Warunki w obu częściach były fatalne, brakowało miejsca dla wszystkich mieszkańców, dlatego część Żydów spała na korytarzach albo w piwnicach.
Niemiecką odpowiedzią na przeludnienie były masowe egzekucje, które rozpoczęto już w pierwszych dniach funkcjonowania dzielnicy. Największe z nich przeprowadzono 12 i 17 września w Ponarach. Podczas pierwszej egzekucji zamordowano 3334 osoby, w tym 881 dzieci.
Pięć dni później zabito 1271 Żydów, a nieletni stanowili wówczas jedną piątą wszystkich ofiar.