Gdy Robert Oppenheimer, kierujący projektem skonstruowania pierwszej bomby atomowej, został oskarżony o szpiegostwo, wielu uznało to za absurd. W 1954 roku Komisja Energii Atomowej Stanów Zjednoczonych oficjalnie oczyściła go z zarzutów, ale jednocześnie odebrano mu poświadczenie bezpieczeństwa, czyli dostęp do ściśle tajnych materiałów rządowych. Ta decyzja, która dla wielu była jak cios w plecy dla zasłużonego naukowca, na długo odcisnęła piętno na jego życiu. Kluczową rolę w tym werdykcie odegrał Edward Teller, dawny bliski współpracownik Oppenheimera z Los Alamos.
Podczas przesłuchań zeznał, że działania fizyka mogły zagrozić bezpieczeństwu kraju. Oppenheimer nigdy nie zapomniał tej zdrady. Drugą postacią, która przyczyniła się do rozpoczęcia procesu, był Lewis Strauss, były przewodniczący Komisji Energii Atomowej, a prywatnie zawzięty wróg naukowca z wieloletnimi osobistymi porachunkami. Po ogłoszeniu decyzji komisji środowiska naukowe w Stanach Zjednoczonych wyraziły ogromny sprzeciw.
Oburzenie wobec potraktowania uczonego manifestowali między innymi Albert Einstein czy europejscy uczeni, którzy nadawali Oppenheimerowi rangę wręcz Galileusza. Do Straussa trafiały listy protestacyjne i petycje podpisywane przez naukowców, a do samego Oppenheimera spływały liczne słowa wsparcia. Część republikanów zdominowanych przez zwolenników polityki Josepha McCarthy’ego biła jednak brawo podczas ogłoszenia werdyktu. Mimo poparcia naukowiec przechodził jeden z najtrudniejszych okresów w życiu.
Jego stan fizyczny i psychiczny pogarszał się, włosy posiwiały, a sylwetka stała się przygarbiona. Żona Kitty, która mocno przeżywała proces, coraz częściej sięgała po alkohol, a syn Peter musiał znosić obelgi rówieśników oskarżających ojca o sympatię do komunizmu. Sam Oppenheimer starał się bagatelizować swoją sytuację, nie stroniąc od ironii – gdy jeden z dziennikarzy porównał jego proces do ukrzyżowania, odpowiedział, że wciąż czuje na rękach ciepłą krew. Lewis Strauss, niezadowolony z wyroku, nie zamierzał ustąpić.
Chciał pozbawić Oppenheimera stanowiska dyrektora Instytutu Studiów Zaawansowanych w Princeton, gdzie zasiadał w zarządzie. Sprzeciw pracowników naukowych i protestacyjne listy sprawiły jednak, że plany te spełzły na niczym. Oppenheimer nadal kierował instytutem i pracował ze studentami, jednym z nich był przyszły noblista John Nash, o którym później powstał film „Piękny umysł”. Od połowy lat 50.
Oppenheimer regularnie spędzał kilka miesięcy w roku na wyspie Saint John na Karaibach, gdzie kupił ziemię i wybudował dom z dostępem do plaży. Jego pierwszy pobyt nie obył się jednak bez skandalu – Strauss i FBI snuli przypuszczenia, że naukowiec planuje nawiązać kontakt z sowieckimi szpiegami lub uciec do ZSRR. Z tego powodu był inwigilowany jeszcze długo po procesie. Wyspa stała się dla niego oazą spokoju, ale sąsiedztwo z rodziną Gibneyów przerodziło się w konflikt, który zakończył się sporem sądowym o prawo do plaży.
Oppenheimer stopniowo wracał do wystąpień publicznych, choć nie był już tak rozchwytywany jak wcześniej. W styczniu 1955 roku udzielił wywiadu w amerykańskiej telewizji, w którym unikał pytań o proces, ale komentował relacje naukowców z władzą. Mimo że w młodości sympatyzował z ruchem lewicowym, w latach 50. i 60.
uważał się za liberała i antykomunistę. Unikał sporów ideologicznych, odrzucał zaproszenia na debaty dotyczące broni jądrowej i nie podpisał słynnego manifestu Russella i Einsteina wzywającego do rozbrojenia. Jego brat Frank sugerował, że ta bierność mogła wynikać z żalu za odsunięciem od pracy dla rządu. W 1956 roku Oppenheimer niespodziewanie stwierdził, że Hiroszima była wielką pomyłką, a „przywódcy, którzy zrzucili bomby, stracili samokontrolę”.
W głosie słychać było wyrzuty sumienia. Rok później dwa wydziały Uniwersytetu Harvarda zaprosiły go na wykład, co wywołało sprzeciw wpływowych absolwentów, którzy grozili wycofaniem dotacji. Mimo to uczelnia nie uległa presji, a prelekcja przyciągnęła 1200 słuchaczy. Co znamienne, zbiegła się ze śmiercią inicjatora „czerwonej paniki” Josepha McCarthy’ego – Oppenheimer napisał na tablicy trzy litery oznaczające „spoczywaj w pokoju”.
Aula była obstawiona przez policję. Naukowiec wykładał na wielu uniwersytetach i instytucjach naukowych, a w Europie uchodził za gwiazdę międzynarodowej sławy. We wrześniu 1960 roku odwiedził Japonię, gdzie protestowano przeciwko prezydentowi Eisenhowerowi i rządowi. Wizyta rozpoczęła się od napiętej konferencji prasowej, podczas której Oppenheimer był oślepiany przez reporterów światłami, aż w końcu rzucił w jednego z nich zapałką.
Na pytanie o odczucia związane z przyjazdem do kraju, na który spadły bomby skonstruowane pod jego kierunkiem, odpowiedział, że nie zmieniło to jego poczucia udręki, ale też nie sprawiło, że bardziej żałuje swojej roli w tym przedsięwzięciu. Nigdy zdecydował się odwiedzić Hiroszimy. Lata 60. przyniosły rehabilitację naukowca.
Prezydent John F. Kennedy, który w 1959 roku głosował przeciwko nominacji Straussa na sekretarza handlu, zaprosił Oppenheimera do Białego Domu. W 1963 roku ogłoszono, że naukowiec otrzyma nagrodę imienia Enrico Fermiego oraz medal za zasługi dla Stanów Zjednoczonych. Wręczenie miało być symbolicznym podsumowaniem rehabilitacji, ale Kennedy został zamordowany 22 listopada 1963 roku, więc odznaczenie odebrał od prezydenta Lyndona Johnsona.
Na uroczystości Oppenheimer podał rękę Edwardowi Tellerowi, który wcześniej napisał do niego list. Wielu sądziło, że „topór wojenny został zakopany”, jednak żal naukowca do dawnego współpracownika trwał do końca życia. Decyzję o nagrodzie wściekle komentował Lewis Strauss. W drugiej połowie lat 60.
zdrowie Oppenheimera zaczęło się pogarszać. Dokuczał mu kaszel, rozstał się z papierosami, ale nie z fajką, która była częścią jego wizerunku. Diagnoza brzmiała: nowotwór krtani. Po operacji udało się czasowo usunąć guza, ale choroba wróciła z przerzutami.
W 1966 roku Oppenheimer zdecydował się przejść na emeryturę, co oznaczało także utratę domu, w którym mieszkał od prawie 20 lat. Władze instytutu postanowiły wybudować mu nowy parterowy dom na terenie placówki. Na drodze stanął ponownie Lewis Strauss, ale i tym razem poniósł porażkę. Ostatnie miesiące życia Oppenheimera naznaczone były wychudzeniem, bladą twarzą i rezygnacją z wielu aktywności.
Przyjaciele wspominali jego „wzrok skazańca” i obojętność. Naukowiec wrócił do palenia papierosów. 15 lutego 1967 roku wziął udział w radzie naukowej instytutu, która dotyczyła przyznania stypendiów, było to jego ostatnie spotkanie w większym gronie. Dzień później jego przyjaciel przyniósł mu fragmenty swojej nowej książki, wspominając później, że Oppenheimer poruszał wargami, jakby chciał czytać na głos, ale nie wydobywał z siebie głosu.
Robert Oppenheimer zmarł we śnie w nocy 18 lutego 1967 roku w wieku 62 lat. Zgodnie z jego wolą ciało zostało skremowane, a prochy rozsypano w zatoce nieopodal domu na Saint John. Naukowiec pozostawił żonę Kitty i dwójkę dzieci, Petera i Toni. Relacje dzieci z rodzicami były skomplikowane.
Peter zamieszkał w Nowym Meksyku, założył rodzinę i doczekał się trójki dzieci. Toni, utalentowana lingwistycznie, pracowała jako tłumaczka w ONZ. Problemy zaczęły się, gdy FBI zainteresowało się przeszłością jej rodziny i wyciągnęło dawne zarzuty wobec ojca. Toni odcięła się od ludzi, zamieszkała na wyspie ukochanej przez rodziców i w 1977 roku, pogrążona w depresji, odebrała sobie życie.
Dom, w którym mieszkali Oppenheimerowie, istnieje do dziś i został przekształcony w obiekt przypominający lokalny dom kultury, a okoliczna plaża nosi nazwę plaży Oppenheimera.