Po latach wojny domowej i bezprawia, które zniszczyły Afganistan po wycofaniu się wojsk radzieckich, na scenie politycznej pojawiła się nowa siła. Talibowie, wywodzący się głównie z uczniów szkół religijnych, obiecali zaprowadzić porządek w pogrążonym w chaosie kraju. Ich pierwszym poważnym sukcesem było zdobycie Kandaharu w październiku 1994 roku. Afgańczycy, wyczerpani latami walk między rywalizującymi watażkami, początkowo z zadowoleniem witali nowych przywódców.
Ruch był zdyscyplinowany, a jego przywódca, mułła Mohammad Omar, dawny bojownik mudżahedinów, zapowiadał rozbrojenie watażków i przywrócenie sprawiedliwości. Kluczową rolę w sukcesie talibów odegrało wsparcie pakistańskiego wywiadu ISI, który dostarczał im broń, pieniądze i szkolenia. W 1995 roku talibowie zdobyli Herat, a 26 września 1996 roku wkroczyli do Kabulu. Stolicę opuściły siły dowódcy Ahmada Szaha Masuda, który wycofał się na północ, tworząc Sojusz Północny.
Po zajęciu miasta talibowie ogłosili powstanie Islamskiego Emiratu Afganistanu i rozpoczęli egzekwowanie swojej skrajnej interpretacji prawa szariatu. Jednym z ich pierwszych posunięć było publiczne stracenie byłego prezydenta Mohammada Nadżibullaha, który wcześniej przebywał pod ochroną ONZ. Rządy talibów oznaczały całkowite pozbawienie kobiet praw. Zakazano im uczęszczania do szkół poza edukacją podstawową, pracy poza domem oraz opuszczania domów bez towarzyszącego mężczyzny.
W miejscach publicznych nie mogły mówić głośno, a obowiązkowe stało się noszenie burek. Za złamanie zasad groziły kary, egzekwowane przez policję obyczajową działającą w ramach Ministerstwa Propagowania Cnót i Zapobiegania Występkom. Segregacja objęła również służbę zdrowia, co pozbawiło tysiące kobiet opieki medycznej. System sądowniczy talibów był szybki i brutalny.
Publiczne egzekucje i chłosty odbywały się na oczach tłumów, często na stadionach, takich jak stadion Ghazi w Kabulu, gdzie wyroki wykonywano w każdy piątek. Oskarżonym o cudzołóstwo groziło ukamienowanie. Zakazano puszczania latawców oraz skracania brody, a mężczyzn zmuszano do noszenia tradycyjnych strojów. Dziewczętom odebrano prawo do nauki, a chłopcy mogli uczęszczać wyłącznie do szkół religijnych.
W marcu 2001 roku talibowie, mimo międzynarodowych apeli, wysadzili w powietrze dwa gigantyczne posągi Buddy w Bamianie, liczące ponad 1500 lat i uznawane za jedne z najważniejszych zabytków buddyjskich na świecie. Decyzję tłumaczono zakazem bałwochwalstwa. Podczas swoich rządów talibowie udzielili schronienia Osamie bin Ladenowi i jego organizacji Al-Kaida. W zamian otrzymywali fundusze, broń i zagranicznych bojowników, którzy szkolili się w obozach na terenie Afganistanu.
W sierpniu 1998 roku Al-Kaida przeprowadziła zamachy bombowe na ambasady USA w Kenii i Tanzanii, zabijając 224 osoby. Po atakach z 11 września 2001 roku, za które odpowiedzialność wzięła Al-Kaida, administracja prezydenta George’a W. Busha postawiła talibom ultimatum: wydanie bin Ladena lub działania zbrojne. Talibowie odmówili, proponując jedynie osądzenie go na afgańskiej ziemi, co Stany Zjednoczone odrzuciły.
7 października 2001 roku Stany Zjednoczone i ich sojusznicy rozpoczęli operację „Trwała Wolność”. Bombardowania, wsparte działaniami sił specjalnych i Sojuszu Północnego, doprowadziły do szybkiego upadku talibów. Kabul padł 13 listopada, a 7 grudnia skapitulowała Kandahar. Ostatnim miejscem oporu był Tora Bora przy granicy z Pakistanem, które padło w grudniu 2001 roku.
Przywódcy talibów, w tym mułła Omar, ukryli się, a wielu bojowników uciekło na plemienne tereny Pakistanu. W grudniu 2001 roku, na konferencji w Bonn w Niemczech, powołano tymczasowy rząd Afganistanu pod przewodnictwem Hamida Karzaja. Wojska USA i NATO rozpoczęły odbudowę kraju, szkolenie afgańskiej armii i wspieranie demokratycznych wyborów. Talibowie jednak odbudowywali swoje struktury, wykorzystując bezpieczne schronienia w pakistańskich regionach przygranicznych.
Część pakistańskiego wojska i wywiadu miała po cichu wspierać ugrupowanie, co dawało mu możliwość przegrupowania się. W kolejnych latach talibowie nasilili Rebelię, przeprowadzając zamachy samobójcze, ataki na konwoje NATO i ukierunkowane zabójstwa urzędników, dziennikarzy i nauczycieli. Do 2010 roku w Afganistanie stacjonowało ponad 100 tysięcy amerykańskich żołnierzy, a wojna stała się najdłuższym konfliktem w historii Stanów Zjednoczonych. Talibowie mimo ciężkich strat kontrolowali coraz większe obszary wiejskie, finansując działania podatkami nakładanymi na ludność.
W lutym 2020 roku, po 18 miesiącach negocjacji, Stany Zjednoczone i talibowie podpisały porozumienie w Katarze. USA zobowiązały się do wycofania wojsk do maja 2021 roku, a talibowie obiecali nie atakować sił amerykańskich i uniemożliwić wykorzystanie Afganistanu jako bazy dla terrorystów. Nie zobowiązali się jednak do zaprzestania walk z afgańskim rządem, który w efekcie został poddany coraz silniejszej presji. Po rozpoczęciu wycofywania wojsk amerykańskich talibowie przeszli do ofensywy, błyskawicznie przejmując kolejne prowincje.
15 sierpnia 2021 roku wkroczyli do Kabulu. Prezydent Aszraf Ghani uciekł z kraju, a talibowie ogłosili ponowne proklamowanie Islamskiego Emiratu Afganistanu. Upadek stolicy wywołał chaos na lotnisku, gdzie tysiące Afgańczyków desperacko próbowało opuścić kraj. Stany Zjednoczone przeprowadziły zakrojoną na ogromną skalę ewakuację, w ramach której drogą lotniczą przerzucono ponad 120 tysięcy osób.
26 sierpnia 2021 roku zamachowiec-samobójca z Państwa Islamskiego Prowincji Chorasan zaatakował lotnisko w Kabulu, zabijając 183 osoby, w tym 13 żołnierzy amerykańskich. 30 sierpnia 2021 roku ostatni amerykański samolot opuścił Afganistan, kończąc dwudziestoletnią wojnę. Po przejęciu władzy talibowie obiecywali poszanowanie praw kobiet i utworzenie inkluzywnego rządu. Obietnice te szybko złamano.
Do marca 2022 roku zakazano dziewczętom uczęszczania do szkół po szóstej klasie, a w grudniu 2022 roku kobietom uniemożliwiono studiowanie na uniwersytetach i pracę dla organizacji pozarządowych. Zamknięto niezależne media, powróciły publiczne egzekucje i surowe kary. Gospodarka Afganistanu załamała się po odcięciu międzynarodowej pomocy i zamrożeniu przez USA 7 miliardów dolarów aktywów banku centralnego. W 2022 roku ponad 90 procent Afgańczyków cierpiało z powodu braku żywności, a ONZ określiła sytuację jako jeden z najgorszych kryzysów humanitarnych we współczesnej historii.
Większość państw nie uznała rządu talibów. Część krajów, w tym Chiny i Rosja, utrzymuje z nimi kontakty, licząc na dostęp do bogactw naturalnych Afganistanu. Talibowie wciąż pozostają u władzy, rządząc przez strach.
Kraj nadal pogrążony jest w kryzysie, a prawa kobiet zostały całkowicie zniesione.