W 1941 roku w Wilnie, które od wieków było jednym z najważniejszych ośrodków kultury żydowskiej w Europie, Niemcy wraz z litewskimi kolaborantami rozpoczęli realizację planu zagłady tamtejszej społeczności żydowskiej. Na krótko przed wybuchem wojny w mieście mieszkało ponad 50 tysięcy Żydów, którzy stanowili jedną trzecią jego mieszkańców. Działało tam ponad sto synagog i liczne szkoły z wykładowym językiem jidysz. Wraz z wkroczeniem Wehrmachtu do Wilna 23 czerwca 1941 roku sytuacja Żydów natychmiast się pogorszyła – również za sprawą postawy części ludności litewskiej.
Jeszcze w czerwcu ukazała się deklaracja, w której otwarcie zapowiadano wymazanie Żydów z życia politycznego, gospodarczego i kulturalnego Litwy. Już na początku lipca wprowadzono kolejne zakazy – Żydzi mogli robić zakupy wyłącznie w wyznaczonych i zazwyczaj pustych sklepach, pozbawiono ich prawa korzystania z samochodów i motocykli, ograniczono też kontakty żydowskich lekarzy z ludnością aryjską. W sierpniu nakazano noszenie opasek z Gwiazdą Dawida oraz nałożono na społeczność żydowską kontrybucję w wysokości pięciu milionów rubli, którą trzeba było wpłacić w ciągu zaledwie 24 godzin. Równolegle z grabieżą i ograniczeniami przeprowadzano masowe aresztowania i egzekucje.
Samo w lipcu 1941 roku doszło do co najmniej 17 akcji, w wyniku których zamordowano około 5 tysięcy osób, a w kolejnym miesiącu na skutek dziesięciu egzekucji zginęło kolejnych 2 tysiące ludzi. Jednym z najbardziej tragicznych wydarzeń okazała się prowokacja z 31 sierpnia 1941 roku, która doprowadziła do dwudniowego pogromu. Dzień później komisarz miasta Hans Hingst ogłosił, że Żydzi strzelali do niemieckich żołnierzy, i zapowiedział wprowadzenie surowych reguł, za przestrzeganie których odpowiedzialna miała być cała społeczność żydowska. W ciągu kilkudziesięciu godzin aresztowano tysiące ludzi.
Trafiali oni do więzienia na Łukiszkach, skąd wywożono ich do Ponar i tam mordowano. Według raportu Jägera 2 września 1941 roku rozstrzelano 3700 Żydów, w tym 2019 kobiet i 817 dzieci. W akcji uczestniczyło około 200 funkcjonariuszy, z których połowa – często pod wpływem alkoholu – brała bezpośredni udział w egzekucjach. Po masakrze sprawcy grabili rzeczy ofiar i sprzedawali je miejscowej ludności.
Pogrom przyspieszył decyzję o utworzeniu w Wilnie getta, do którego przesiedlenia rozpoczęły się 6 września. Przebiegały one w atmosferze przemocy, gwałtów i przestępczości. Świadkowie wspominali, że sąsiadów i członków rodzin rozdzielano – jednych prowadzono do więzienia, innych do getta, a o życiu często decydował przypadek. W getcie małym znalazło się 9 tysięcy Żydów, w dużym – około 29 tysięcy.
Warunki były tragiczne, brakowało miejsca do życia, ludzie mieszkali w kuchniach, piwnicach i na korytarzach. Na przeludnienie Niemcy odpowiedzieli masowymi mordami, które przeprowadzano od pierwszych dni istnienia dzielnicy. Największe egzekucje miały miejsce 12 i 17 września 1941 roku – pierwsza pochłonęła 3334 ofiary, druga kolejne 1271 osób. Świadomie wybrano też dzień 1 października, kiedy Żydzi obchodzili Jom Kipur; wówczas aresztowano i zamordowano od 2 do 2,3 tysiąca ludzi.
Łącznie w tych trzech masakrach zginęło około 7 tysięcy osób. Szacuje się, że w ciągu mniej niż sześciu miesięcy Niemcy z pomocą litewskich kolaborantów wymordowali od 33 do 34 tysięcy wileńskich Żydów. W getcie, by regulować życie wewnętrzne, powołano Judenrat, któremu przewodzili Anatol Fried w dużym getcie i Ajzyk Lejbowicz w małym. Działały tam wydziały odpowiedzialne za policję, pocztę, warsztaty, szkoły, apteki i synagogi.
Była to część cynicznej gry – po masowych mordach wprowadzano iluzję normalności. Powstał teatr i orkiestra symfoniczna, co miało dawać nadzieję i uśpić czujność. Kluczową rolę odgrywał wydział pracy, ponieważ posiadanie zatrudnienia gwarantowało szansę pozostania w getcie. Duże znaczenie miała też służba zdrowia – dzięki skutecznym działaniom sanitarnym nie wybuchła żadna epidemia, a w 1942 roku odnotowano nawet naturalny przyrost ludności.
Osobny rozdział stanowiła policja żydowska, utworzona jesienią 1941 roku. Na jej czele stał Jakub Gens, który cieszył się początkowo dużym zaufaniem, ale z czasem jego ludzie stali się narzędziem w rękach okupanta. Brali udział w rewizjach, infiltrowali ruch oporu, a podczas akcji likwidacyjnych nosili litewskie mundury z Gwiazdą Dawida na czapkach. Brali udział w selekcjach i akcjach likwidacyjnych, co budziło szczególną nienawiść wśród współwięźniów.
Postawa wielu policjantów, którzy świadomie działali przeciwko innym Żydom, do dziś trudna jest do jednoznacznej oceny. Okres względnego spokoju przerwał lipiec 1942 roku, gdy Niemcy zażądali wydania 500 osób. Po nieudanej interwencji Judenratu Gens przekazał grupę kalekich i starszych. Żydów zawieziono do pensjonatu w Papiškėse, troskliwie się nimi opiekowano, a komisji Czerwonego Krzyża pokazano, jak dobrze traktowani są pacjenci.
Trzy dni po wizycie komisji, 27 lipca, starszych wywieziono do Ponar i zamordowano. Podobną akcję przeprowadzono 31 sierpnia, gdy Niemcy zażądali 400 młodych kobiet. Ochotniczki się nie zgłosiły, więc policja żydowska przeprowadziła rewizje i dostarczyła Niemcom wymaganą liczbę kobiet. Latem 1943 roku, po likwidacji okolicznych gett i obozów, Niemcy powrócili do Wilna.
Likwidacja tutejszego getta rozpoczęła się w sierpniu i przebiegała stopniowo. Najpierw rozstrzelano żydowskich kolejarzy, innych aresztowano i deportowano do obozów w Estonii. W trakcie tych deportacji członkowie wileńskiego ruchu oporu stoczyli nierówne walki, które wybuchły na ulicach Straszuna i Oszmiańska. Odkryte kryjówki wysadzano w powietrze, wielu ludzi zginęło pod gruzami.
W ciągu czterech dni deportowano do 8 tysięcy osób. We wrześniu getto zostało otoczone kordonem, a kontakt z aryjską stroną zakazano. W getcie zaczął doskwierać głód, a mieszkańcy żyli w strachu. 14 października Jakub Gens został wezwany do Gestapo i zamordowany.
Ostateczna likwidacja wileńskiego getta nastąpiła 23 września 1943 roku. Dzielnicę otoczono, Żydów prowadzono przez bramę w stronę ulicy Rossa, a po drodze dokonywano selekcji. Kilkuset niezdolnych do pracy rozstrzelano w Ponarach, pozostałych wywieziono do obozów koncentracyjnych. W Wilnie zostało około 3 tysięcy Żydów – pracujących w niemieckich fabrykach lub ukrywających się w mieście.
Germanom zajęło kilka tygodni odnalezienie ich, a każda złapana osoba dzieliła ten sam los – śmierć w Ponarach. Deportacje i egzekucje trwały przez cały 1944 rok. Ostatecznie z blisko 60 tysięcy członków przedwojennej społeczności żydowskiej Wilna przeżyło około 2 tysięcy osób.
Dziś o tamtych wydarzeniach przypominają jedynie mury, ruiny i wyblakłe napisy na kamienicach.