Gdy Niemcom udało się zlikwidować okoliczne getta i obozy, ich uwaga ponownie skupiła się na Wilnie. Likwidację tutejszego getta rozpoczęto już w sierpniu 1943 roku i prowadzono ją stopniowo. Najpierw przy pomocy estońskich policjantów rozstrzelano Żydów pracujących na kolei, innych aresztowano i wywieziono do obozów koncentracyjnych znajdujących się na terenie Estonii. Pod koniec sierpnia przeprowadzono kolejną akcję deportacyjną do Estonii, którą tym razem nakazano w pełni zrealizować administracji getta.
Do pomocy wykorzystano oczywiście żydowskich policjantów przeznaczonych do deportacji ludzi. Skoncentrowano ich w dawnej herbaciarni przy ulicy Szawelskiej 1. Ofiarą tej operacji padło 1500 osób. We wrześniu przystąpiono do kolejnego właściwego etapu akcji.
W ciągu pierwszych czterech dni wywieziono kolejne setki Żydów. W trakcie deportacji doszło do nierównych walk, które podjęli członkowie wileńskiej konspiracji. Do konfrontacji doszło przy ulicach Straszuna i Oszmiańskiej. Odkrywane kryjówki wysadzano, a wiele osób zginęło pod gruzami.
8000 Żydów wywieziono z Wilna. Na miejscu pozostawiono od 10 do 12 000 osób. Gettę otoczono kordonem, zamknięto ją i zakazano jakichkolwiek kontaktów ze stroną aryjską. W pewnym momencie mieszkańcom żydowskiej dzielnicy w oczy zaczął zaglądać głód.
Kolejne dni upływały mieszkańcom getta pod znakiem strachu i niepokoju, przerwanego informacją o śmierci Jakuba Gensa. 14 października naczelnik został wezwany przez Niemców, którzy zamordowali go w siedzibie Gestapo. Dla wszystkich stało się jasne, że koniec jest bliski. Ostateczna likwidacja getta wileńskiego nastąpiła 23 września 1943 roku.
O godzinie 11:00 dzielnica została otoczona przez oddziały złożone z Niemców, Łotyszy oraz Ukraińców. Żydów zaczęto wyprowadzać w stronę ulicy Rossy. Przeprowadzono selekcje.
Kilkaset osób rozstrzelano na terenie Ponar, a wszystkich pozostałych deportowano do obozów koncentracyjnych.