10 maja 1940 roku o godzinie 3:55 nad ranem wojska niemieckie wkroczyły do Holandii, łamiąc jej neutralność. Kraj, który przez lata hołdował pacyfizmowi i wierzył w politykę nieangażowania się w konflikty, stanął w obliczu brutalnej agresji ze strony III Rzeszy. Celem ataku było nie tylko opanowanie Holandii, ale przede wszystkim stworzenie dogodnej bazy do uderzenia na Francję. Jeszcze przed wojną Holandia była krajem, w którym idee pacyfistyczne i rozbrojeniowe cieszyły się ogromną popularnością.
Po I wojnie światowej społeczeństwo holenderskie z nadzieją patrzyło na Ligę Narodów i wierzyło, że międzynarodowe organizacje zapobiegną kolejnemu konfliktowi. partie liberalne, socjalistyczne i katolickie propagowały hasła antywojenne, a jedynie nieliczni politycy, jak doświadczony premier Hendrikus Colijn, ostrzegali przed zgubnymi skutkami tych działań. Na marginesie sceny politycznej pozostawał Anton Mussert i jego Narodowo-Socjalistyczny Ruch Holenderski (NSB). Partia, inspirowana początkowo włoskim faszyzmem, a później hitleryzmem, osiągnęła swój największy sukces w 1935 roku, zdobywając w wyborach do Stanów Prowincjonalnych około 8 procent głosów.
Jednak w ważniejszych wyborach parlamentarnych w 1937 roku NSB uzyskała zaledwie 4 procent poparcia. Niemcy zdawali sobie sprawę, że partia Musserta ma zbyt małe znaczenie, by powierzyć jej realną władzę. Mimo to, kluczową rolę w okupowanej Holandii odegrali nie tylko jawni naziści z NSB, ale również urzędnicy i przedstawiciele elit, którzy z różnych powodów zdecydowali się na cichą kolaborację. Wielu z nich, kierując się pragmatyzmem lub chęcią utrzymania swoich pozycji, współpracowało z niemiecką administracją.
Swoją postawą zaskoczyli nawet byli premierzy, którzy wzywali do akceptacji niemieckiej hegemonii w Europie. Niemiecki komisarz Rzeszy Arthur Seyss-Inquart początkowo starał się prowadzić politykę mającą na celu pozyskanie Holendrów, których uważano za przedstawicieli rasy germańskiej. Okupacja miała być łagodna, a życie w kraju toczyło się niemal normalnie. Sytuacja zmieniła się jednak po ataku Niemiec na Związek Radziecki, gdy Holendrzy zaczęli coraz częściej okazywać nieposłuszeństwo.
Pierwszym wielkim aktem sprzeciwu był strajk generalny w Amsterdamie w lutym 1941 roku. Bezpośrednią przyczyną były niemieckie zarządzenia antysemickie oraz prowokacje holenderskich nazistów, którzy nachodzili żydowskich mieszkańców dzielnicy. W proteście wzięło udział około 300 tysięcy osób, a jego organizacją zajęła się przede wszystkim Holenderska Partia Komunistyczna. Niemcy byli zaskoczeni skalą protestu i krwawo go stłumili, a w kolejnych latach represje wobec ludności cywilnej nasilały się.
Szczególnie tragiczny los spotkał holenderskich Żydów. Po wkroczeniu Niemców rozpoczęto ich rejestrację, a następnie ograniczano im prawa, zmuszano do noszenia Gwiazdy Dawida i wykluczano z życia publicznego. W 1942 roku rozpoczęły się masowe deportacje do obozów koncentracyjnych. Łącznie wojnę przeżyło zaledwie około 35 tysięcy z 140 tysięcy holenderskich Żydów, a symbolem ich tragedii stała się Anne Frank, która ukrywała się w Amsterdamie i zginęła w obozie.
Holendrzy służyli także w niemieckich formacjach wojskowych. Szacuje się, że przez jednostki SS i Wehrmachtu przewinęło się około 50 tysięcy ochotników z Holandii. Dla wielu z nich motywacją był antykomunizm lub wiara w nazistowską ideologię, ale nie brakowało też kryminalistów i poszukiwaczy przygód. Ochotnicy ci walczyli na froncie wschodnim, a niektóre jednostki brały udział w tłumieniu powstania warszawskiego.
W Holandii, w przeciwieństwie do innych krajów, nie istniała rozbudowana partyzantka, co wynikało z warunków geograficznych – niewielkiego obszaru i braku rozległych lasów. Holendrzy skupili się na sabotażu, kolportażu podziemnej prasy, pomocy ukrywającym się Żydom oraz biernym oporze. Organizowano także zamachy na kolaborantów, na co Niemcy odpowiadali brutalnymi represjami. Skrajnym przypadkiem było spalenie wsi Putten i wywiezienie jej mieszkańców do obozów koncentracyjnych.
W międzyczasie na Dalekim Wschodzie Japonia zaatakowała holenderskie Indie Wschodnie, gdzie miejscowi Holendrzy trafili do obozów, a wielu z nich zginęło. Po kapitulacji Japonii Indonezja proklamowała niepodległość, czemu sprzeciwiły się holenderskie władze. Gdy w 1944 roku alianci wyzwolili południe Holandii, północ kraju nadal znajdowała się pod niemiecką kontrolą, a głód i terror doskwierały mieszkańcom do samego końca wojny. Zimą 1944–1945 wybuchła tak zwana klęska głodu, która pochłonęła około 20 tysięcy ofiar.
Kapitulacja wojsk niemieckich w Holandii została podpisana dopiero 5 maja 1945 roku, kończąc niemiecką okupację.